Los órganos de gobierno que componen el Ayuntamiento de Navalcarnero son:
- El Pleno: El Pleno, integrado por el Alcalde y los Concejales, es el órgano de máxima representación política de los ciudadanos en el gobierno municipal.
- La Junta de Gobierno Local: La Junta de Gobierno Local esta compuesta por el Alcalde-Presidente, tres concejales del PSOE, dos de Cambiemos Navalcarnero y el concejal no adscrito, se configura como el órgano ejecutivo por excelencia del Ayuntamiento, asumiendo la mayor parte de las atribuciones municipales de gestión, respondiendo políticamente ante el Pleno.
- Las Comisiones Informativas: Como órganos complementarios existen las Comisiones Informativas y la Comisión Especial de Cuentas.
Las Comisiones Informativas, integradas exclusivamente por miembros de la Corporación, son órganos sin atribuciones resolutorias que tienen por función el estudio, informe o consulta de los asuntos que hayan de ser sometidos a la decisión del Pleno. Cada Comisión está integrada por el Alcalde como presidente nato, por dos concejales del P.S.O.E, dos del Partido Popular, uno de Cambiemos Navalcarnero, uno de URCI y por el concejal no adscrito. En el Pleno Extraordinario del 30 de junio de 2015 se acordó la creación de las siguientes comisiones: Comisión Informativa de Cuentas, Economía, Hacienda y Organización Interna -que asume las competencias de la Comisión Especial de Cuentas-; Comisión Informativa de Servicios a la Ciudadanía; Comisión Informativa del Área Social y Participación y Comisión Informativa del Área de Ciudad Sostenible.
